Imposant par sa longueur, ce chœur se distingue aussi par sa hauteur (25 m.) et surtout par sa verrière de douze baies qui éclaire de « la lumière divine » le choeur du sanctuaire. A noter la clef de voute qui présente le martyr de saint Genès, à qui la cathédrale est initialement dédiée.

Les chanoines du chapitre, clercs laïcs en charge de la gestion cathédrale, construisent le cloître au XVème siècle, contre le sanctuaire. Il est à la fois un havre de paix propice à la méditation et dessert la salle capitulaire, le cellier du chapitre, etc…

Le XIX° siècle connut un renouveau de la Foi catholique qui favorisa la renaissance du vitrail qui avait été délaissé au siècle précédent. L’Église utilisa comme au moyen-âge cet art visuel comme instrument de catéchèse. Les 9 verrières du chœur liturgique sont ornées de scènes bibliques qui se lisent de bas en haut. Le niveau inférieur représente des personnages en pied : martyrs, évêques et saints locaux dont le culte est encouragé. Le niveau médian illustre des scènes de l'ancien testament auquel répondent en écho les scènes du nouveau testament du niveau supérieur. L’extrême rareté des fabriques locales de vitraux peints obligea les commanditaires à s'adresser à des ateliers extérieurs à la région. C'est ainsi que Lodève fit appel au peintre verrier Alexandre Mauvernay de Saint-Galmier dans le Départemnt de la Loire, qui signa aussi les vitraux des chapelles Saint-Fulcran et Saint-Roch ainsi que la rosace qui surmonte le buffet d'orgue.

Au milieu  de la cathédrale s'élève une grande chaire en noyer construite en 1867 par l'atelier Robert Froc de Paris grâce au legs d'une paroissienne Clara Vallat. Elle fût primée à l'exposition universelle de Paris où elle reçut une haute récompense. L'ensemble entièrement sculpté développe au niveau du socle la symbolique de l'enfer, la cuve représente les vertus chrétiennes et le couronnement annonce la Jérusalem Céleste.

L’orgue du XVIIIème siècle a été reconstruit en 1881/1882 par Théodore Puget puis restauré en 1974 et 2000.